喇嘛教有两个首领：达赖和班禅。
明神宗万历八年(公元1580年)蒙古右翼土默特首领顺义王俺答汗将喇嘛教中格鲁派领袖锁南嘉措尊奉为三世达赖喇嘛。其前两世达赖喇嘛以此上溯追尊。此举开始了格鲁教派在蒙古族中的广泛传播。
万历十五年(公元1587年)明神宗册封锁南嘉措为达赖喇嘛，并曾召之进京朝见。
五世达赖喇嘛原名是阿旺罗桑嘉措，系前藏穷结人。明崇祯十五年(公元1642年)五世达赖喇嘛在西藏建立了政教合一的政权。
清顺治九年(公元1652年)五世达赖喇嘛躬亲进京朝觐世祖。次年，清朝正式册封他为达赖喇嘛。从而正式确立了他在西藏的政教地位。
清顺治三年(公元1646年)，和硕特蒙古固始汗尊奉喇嘛教格鲁派领袖罗桑却吉坚赞为四世班禅。其前三世班禅以此上溯追尊。
康熙五十二年(公元1713)清圣祖册封五世班禅为班禅额尔德尼。
嗣后四百余年来，历代达赖和班禅的转世，都必须经过中央政府册封的程序和仪式。这成为定制。
雍正六年(公元1728年)清朝设置驻藏大臣，同达赖、班禅一起管理西藏事务。
乾隆四十年(公元1775年)英国殖民者企图让西藏地方政府背着中央政府，以独立政治实体的主体资格，同英国单独缔结一个所谓的“双边商务条约”，以期造成西藏业已独立的既成事实。但六世班禅对此断然拒绝，并严正声明：西藏是中国领土，所有军政事务必须得到中央政府的同意。
乾隆四十七年(公元1782年)适逢清高宗七十寿辰。六世班禅不远万里，亲率隋员，跋山涉水到承德庆贺。乾隆帝亲题“宝地祥轮”讲经堂匾赐之，以嘉其为统一祖国所做的贡献。
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